EZRの使い方:EZRのインストール[Mac編] 

EZRという統計ソフトをご存知ですか?

無料で使用できて、信頼性もあり、自分のパソコンで使用できるとても優れたソフトです。

信頼性があるので、学会発表はもちろん、論文にも使用できます。

そして、何より無料で自分のパソコンで使用できるのがありがたすぎます。

無料でインストールできるのですが、Macで使用する場合は設定が若干複雑になっています。

(私も若干戸惑いました)

 

今回は医療統計初心者にもオススメなEZRの導入(Mac編)をご説明したいと思います。

簡単に導入できるように手順を作成しています。また、簡単な起動方法も記載していますので、参考にしてください。

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EZRとは

EZRは自治医大の神田先生が「R」を利用して開発した医療用の統計ソフトです.

「R(アール)」とは誰もが無料で使用できる統計ソフトの名称ですが、「R」を操作するためにはR言語とよばれる文字列で命令文を入力しなければならず、初学者には敷居が高いと思われます。

 

EZRは、マウスによるメニュー操作だけで解析を行うことができるようにしたRコマンダーに、さらに多彩な統計解析機能を組み込んだ統計解析ソフトです。

 

統計学の書籍でも何冊か紹介されています。

以前オススメした下記の本では、統計についてをEZRを使用しながら説明しているので、参考にしてみてください。

研究初心者必見!医療統計学のオススメ本〜新谷歩先生〜

EZRの導入

MacでのEZRの導入には3段階のプロセスが必要です。

1:Rのインストール

2:XQuartzのインストール

3:RcommanderとEZRのパッケージをインストール

Rのインストール

まずはRをインストールする必要があります。

CRANホームページからDownload R for(Mac) OS Xをインストールします。

https://cran.r-project.org/

 

 

次に

ダウンロードされますので、ファイルを開いてインストールへうつります。

 

開いたファイルの「続ける」をクリックします。

「続ける」を次々クリックします。

「同意する」をクリックします。使用許諾契約書は英語です。(私は読めませんが、読めたらよんでください・・・)

インストール先を選択します。(インストール先を変更・・をクリックしてみてください)

特に指定がなければこのままで問題ありません。

 

「続ける」をクリックしてください。

再度この画面に戻りますので、「インストール」を押してください。

Macで設定しているパスワードを入力してください。

少し時間がかかって、インストールが完了します。

これでRのインストールは終了です。

 

残ったインストーラは「ゴミ箱にいれる」でも問題ありません。

XQuartzのインストール

次にXQuartzとプログラムをインストールします。

これをやっていないとRコマンダーが動きませんので非常に重要なステップです。

以下のサイトから、XQuartzをインストールします。

https://www.xquartz.org/

サイトを開いたら、以下をダウンドードします。

 

ダウンロードしたXQuartzのファイルを開きます。

ファイルを開くとインストールが始まりますので、「続ける」をクリックします。

再度「続ける」をクリックします。

使用許諾契約が出ますが、英語のみです・・・

 

「続ける」をクリックします。

「同意する」をクリックします。

「インストール」をクリックします。

 

Macのパスワードを入力します。

数分待つとインストールが完了します。

(途中でこのような画面がでたら「OK」をおします。)

 

インストーラはゴミ箱に捨てても問題ありません。

アプリケーションフォルダの「その他」のなかにXQuartzのアイコンがあると思います。

これでXQuartzのインストールは終了です。

 

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RcommanderとEZRのパッケージをインストール

最後にRcommanderとEZRのパッケージをインストールします.

ここからは,Rのコマンドライン入力になります.

アプリケーションフォルダのRをクリックします。

Rコンソールが開きます。

 

一番下の>の右にカーソルが点滅しています。

の横に

install.packages(“RcmdrPlugin.EZR”, dependencies=TRUE)

と以下の図のように入力します.

大文字と小文字に注意して入力してください。コピペでもできます。

 

上記のように入力したら、Enterを押すとCRAN mirrorの選択画面が出ます.
Japan(Tokyo)を選択して,「Ok」をクリックします.(どれでもいいのかもしれません)
ここで一回とまりますので、右下にカーソルがあることを確認してEnterをおします。
しばらくいろいろ赤文字が続きます。
*以下のような画面がでたら、以下のツールを「インストール」をクリックします。
ツールをインストールするとRコンソールが途中で中断してしまうので、一度終了して、Rコンソールを開きなおして最初からやり直す必要があります。
使用許諾契約を「同意する」をおします。
ンストールが完了します。
再度元の画面に戻りますが、このままではすすみません。
一度Rコンソールを終了して、再度上記のRコンソールの立ち上げから再開してください。
ここまでいくと、ダウンロードは完了しています。
次にRcommanderを起動します.コマンドラインにlibrary(Rcmdr)と入力してリターンキーを押します.(以下の図中断の青文字です)ここでも大文字と小文字をきちんと区別してください.
しかし入力してリターンキーを押すと以下のようにエラーがでました。
今度は,コマンドラインにinstall.packages(“Rcmdr”, dependencies=TRUE)と入力してリターンキーを押します.(以下の図中断の青文字です)
カーソルが右下にあることを確認して、リターンキーをおします。
ここまできたら、Rを一旦終了します(保存しなくて大丈夫です)
XQuartzを起動します.XQuartzのアイコンはアプリケーション→「その他フォルダ」にあります.
クリックしたら開いているようなので、続いてRを再起動して,library(Rcmdr)と入力します.(以下の図下の青文字)
これでようやく、Rcommanderが起動します。
Rcommanderを開いたら,まず,ツールから「R.appのためのMac OS Xのapp.napの管理」を開き,オフにします(動作が速くなるようです).
オフが推奨なのに,デフォルトでオンになっているのは謎です.
EZRのプラグインをインストールします.
ツールから,Rcmdrプラグインのロードを開き,EZRを選択します.
Rcommanderの再起動を求められますので,yesをクリックします.
Rcommanderを開くとEZRが使用できます.

とてもややこしかったと思います。

お疲れ様でした。
次回からは
  1. XQuartzを起動します
  2. Rを起動します
  3. Rコンソールにibrary(Rcmdr)とタイプしてリターンキーをおせば、Rコマンダーが使用可能となります。
まずはXQuartzからです。順番が違うと起動しないので注意してください。
けど、毎回タイプするのもめんどくさいですよね。
次に、簡単にEZRを起動する方法を記載します。

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簡単にEZRを起動するために

EZRは導入できたと思いますが、毎回Rを開いてコマンドを入力するのはめんどくさいですよね。

そんな方のために、自治医科大学のHPに、Rを開くだけでEZRが開くように設定する方法を紹介しています.

http://www.jichi.ac.jp/saitama-sct/SaitamaHP.files/statmedOSX.html

実際に行ってみます。

 

アプリケーションの「その他」のなかにあるターミナルを開きます。

 

素っ気ない画面がでます。青いところは個人情報でしたので隠しました・・・

以下のコードをコピー・アンド・ペーストでそのままターミナルに貼り付けます.(図のようになります)
## Starts here
echo “options(Rcmdr=list(plugins=’RcmdrPlugin.EZR’))” >> ~/.Rprofile
echo “library(Rcmdr)” >> ~/.Rprofile
echo “local({” >> ~/.Rprofile
echo “old <- getOption(‘defaultPackages’)” >> ~/.Rprofile
echo “options(defaultPackages = c(old, ‘Rcmdr’))” >> ~/.Rprofile
echo “})” >> ~/.Rprofile
## Ends here

貼り付け(入力でも可)が終了して、リターンすると一瞬で作業が終わっているようで、画面も切り替わらず正常に終了しているか不安になります。
とりあえず、ターミナルを消して、Rを起動してみると自動的にRコマンダーが開くようになっています。
ただし、必ず先にXQuartzを開くのを忘れないようにしてください。

EZRを実践する

EZRを使用した統計手法について、以下のサイトにまとめてリンクを貼っていますので参考にしてください。

EZRの使い方まとめ

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まとめ

今回はEZR(Mac編)の導入を行いました。

ややこしいプロセスですが、最後まで設定すると、簡単にEZRが使用できるようになります。

シンプルな統計ソフトで、無料で使用できることが信じられないですが、是非研究に活用してください。